Según afirma Pascual Madoz, entre 1846 y 1850 había dos escuelas en Santa Cruz de la Zarza dotadas con 2.200 reales a las que asistían 110 niños y una escuela de niñas dotada con 1.100 reales a la que asistían 44 niñas.

En la actualidad la enseñanza en Santa Cruz de la Zarza depende de la Consejería de Educación y Ciencia de la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha, que tiene las competencias de educación a nivel regional. Hay un Colegio Público de Educación Infantil y Primaria llamado CEIP Eduardo Palomo y un Instituto de Educación Secundaria Obligatoria, IESO Velsinia. También cuenta con un Centro de Atención Infantil (CAI) que gestiona el Ayuntamiento para la Educación de primer ciclo infantil (niños de 0 a 3 años) y un Aula de Educación de Adultos que depende del CEPA de Ocaña. En el curso 2010/11, según la estadística oficial de la Consejería de Educación y Ciencia, había 31 profesores y 383 alumnos matriculados en Educación Infantil y Primaria, más 26 profesores y 285 alumnos en Educación Secundaria.

En el curso 2014/2015 hubo un total de 596 alumnos matriculados entre Educación Infantil, Primaria y Educación Secundaria, según figura en la estadística oficial de la Consejería de Educación y Ciencia de Castilla-La Mancha.